Muziejaus kompleksas yra rekonstruota 20-ojo amžiaus pradžios elektrinė, mūrinė konstrukcija su neoklasikinio tinko puošyba, į kurią įdėtos Libeskindui būdingos kristalinės formos. Iš išorės jie skaitėsi kaip kubiniai ir pailgi mėlynos spalvos nerūdijančio plieno tūriai, kyšantys iš pastato grindų. Jie yra dviejų hebrajų abėcėlės raidžių formos - „kepurė“ir „jodas“, kurie kartu sudaro „Libeskind“projekto „L'Chaim“šūkį, kuris reiškia „gyvybei“. Tačiau jie yra įskaitomi tik tuo atveju, jei pažvelgsite į pastatą iš viršaus, į kurį neįmanoma patekti paprastam muziejaus lankytojui.
Muziejaus fojė priešais įėjimą esanti siena išklota paryškintomis reljefinėmis linijomis, formuojančiomis žodį „pardes“, reiškiančiu „Edeno sodą“, taip pat simbolizuojančiu keturis Toros supratimo lygius. Tačiau šis projekto elementas taip pat sunkiai suvokiamas dėl staigių vestibiulio erdvės vingių.
Pagrindinėje - pirmoje komplekso pakopoje - taip pat yra auditorija (ant kurios lubų abstrakčiai pavaizduotas Šventosios Žemės žemėlapis), švietimo centras ir galerijos. Antrame aukšte yra administracinės patalpos, taip pat to paties pavadinimo parodų salė, įrašyta į didžiulį „jodo“raidės kubą, apšviestą per 36 daugiakampius langus.
Pats Libeskindas pabrėžia skirtumą tarp pastato San Franciske ir jo žydų muziejų Senajame pasaulyje: Kalifornijos pastatas neturi Holokausto katastrofos antspaudo, kuris būtinai yra jo europiniuose projektuose. Nepaisant to, „Libeskind“architektūros kalba išliko ta pati: aštrios, sulaužytos linijos, kurios anksčiau simbolizavo istorinę tragediją, dabar turėtų atstovauti klestinčios žydų diasporos Ramiojo vandenyno pakrantėje „dangaus kabinoms“.
