Pertvarkymo projektą rėmė ispanai Cruz y Ortiz, parodą sukūrė Jeanas-Michelis Wilmotte'as, o restauravimą atliko „Van Hoogevest Architecten“. Architektų užduotis buvo pritaikyti didžiulį eklektikos srovės pastatą, kurį 1885 m. Pastatė Petrus (Pierre) Kuypers, XXI amžiaus muziejaus reikmėms. Sodrus interjeras atitraukė dėmesį nuo eksponatų, neužteko vietos tiek parodoms, tiek ją lydinčiai programai, buvo neįmanoma nuolatinės ekspozicijos sutvarkyti pagal vieną sistemą ir pan.
Dabar visi XII – XX a. Eksponatai yra išdėstyti griežta chronologine tvarka, grindimis iš apačios į viršų, o chronologiją palaiko spalvų schema: dažai ant sienų palaipsniui ryškėja, judėdami aukštyn, pasiekdami beveik balta modernaus meno salėse. Tuo pačiu metu visi darbai buvo išdėstyti nauju būdu, išskyrus svarbiausią - Rembrandto „Naktinį sargybą“, kuris grįžo į buvusią vietą „Garbės galerijoje“, kur „Auksinio“kūriniai. Eksponuojami olandų meno amžiai.
Architektai, pagal jau nustatytą muziejų statybų schemą, užblokavo du pastato kiemus su stikliniais stogais, taip pat pagilino juos iki -1 aukšto lygio, prieš tai pašalinę vėlesnius juos okupavusius priestatus. Tada po vienu kiemu jie pastatė auditoriją, po kitu - muziejaus parduotuvę ir kavinę. Patys kiemai virto erdviomis viešosiomis erdvėmis, į kurias galima patekti net ir nepirkus bilieto. Jų sienos sudaro muziejaus kiemo fasadus, o nauji paviršiai yra padengti šviesios spalvos akmeniu. Antonio Cruzas ir Antonio Ortizas atsižvelgė į Normano Fosterio klaidą, kurio Didžiosios Britanijos muziejaus kieme bet koks garsas yra aiškiai girdimas ir netgi aidi, todėl Rijksmuseum triukšmą slopina baltos grotelės su garso sugeriančia medžiaga, pakabinta ant lubų..
Tačiau pagrindinė architektų problema buvo dviejų kiemų sujungimas į vieną visumą. Istoriniame pastate fasado centre yra pėsčiųjų ir dviratininkų koridorius, leidžiantis greitai praeiti pro pastatą. Rekonstrukcijos projekte buvo numatyta paversti jį pagrindiniu įėjimu į muziejų, suvienijančiu abu kiemus, tačiau miestiečiai sukilo, o dabar koridorius išsaugotas originaliu pavidalu, į muziejų galima patekti per keturis mažus įėjimus, o požeminė perėja buvo paklota po ja, sujungdami kiemus tarpusavyje.
Muziejus buvo uždarytas rekonstrukcijai 2003 m. Ir turėjo būti atidarytas jau 2008 m. 10 metų darbo laikotarpis paaiškinamas tuo, kad reikėjo titaniškai stengtis pastatyti požeminius lygius vandens pripildytoje Amsterdamo dirvoje. tokio sudėtingo projekto rangovo nebuvo. „Arcadis“inžinieriai padarė naujas požemines pastato dalis struktūriškai nepriklausomas nuo istorinės struktūros, nes ji pamažu aprimo. Todėl žemės koridorius ir „Garbės galerija“, esantys virš požeminės perėjos tarp kiemų, dabar paversti virš jo kabančiu „tiltu“. Iškastos duobės tuoj pat buvo pripildytos vandens, todėl jos buvo išpiltos specialiu betonu povandeniniams darbams, o procesą kontroliavo narai.
Projekto biudžetas buvo 375 milijonai eurų, tačiau jis taip pat apima atskiro Azijos meno paviljono, įrengto tvenkinio centre, statybą, Copijn Landschapsarchitecten projekto parko pritaikymą skulptūrų sodui (14 500 m2)., tarnybinio įėjimo pastato statyba, istorinės piešimo mokyklos („Teekenschool“) kaip muziejaus edukacinio centro rekonstrukcija, taip pat muziejaus dirbtuvių pastato prie „Rijksmuseum“statyba buvo sujungta su kitu „Kuypers“pastatu - buvusiu Darbuotojų sauga ir sveikata.
Bet muziejaus atnaujinimas dar nebaigtas: rekonstrukcijos metu jis liko atviras
„Philips“sparnas dabar bus paverstas modernia laikinos ekspozicijos erdve. Projekto autoriai taip pat yra Cruz y Ortiz.
